Le docteur Weil n est pas le Dr Wily mais un des deux scientifiques chargé d'étudier le corps de zero pour l'étudier et trouver une solution pour mettre fin à la mavericks war.
Cette dernière continua sans fin apres le megaman X8 et zero pris la décision que l on étudie son corps pour trouver une solution à cela (fin de megaman x6 qui intervient historiquement apres megaman x command mission)
En effet zero propageait le virus nightmare qui changea les reploids en mavericks notamment en agissant en tant que maverick hunter à travers le monde.
Le premier d entre eux fut sigma qui fut le seul reploid à survivre face à zero alors qu il était un maverick et sigma le commandant des mavercks hunter meme s il fut mis à mal. Apres son combat, il fut donc contaminé. (scene de megaman x4)
L esprit et le corps de zero furent donc étudiés durant les 50 prochaines années avec toutes les dernières technologies de l époque.
Pendant ce temps, X combattit encore et encore sans son ami zero contre les mavericks et au fil du temps les conséquences et les pertes furent lourdes et personnelles. X devint plus severe et sans pitié, on suppose qu axl mourrut lors de cette guerre ce qui affecta X qui se retrouva seul.
Cependant, les recherches faites sur zero portèrent leur fruits et 3 découvertes furent faites :
- la nature du cyber espace, un programme dimentionnelle qui constitue la réalité
- les programmes cyber elfe avec la capacité d agir sur le cyber espace et ainsi d en altérer le monde réel
- la "mother elf" un cyber elf geant concu à partir d echantillons du virus de zero mais avec la capacité de remettre les mavericks à leur état normal de simple reploid.
X usa des pouvoirs de la "mother elf" et mis fin une bonne fois pour toute à la guerre des mavericks et apporta la paix dans le monde.
Mais pas pour longtemps...Le docteur Weil, l un des deux scientifiques chargé d étudier zero, vola son corps ainsi que la "mother elf". Il apporta une "malediction" à la mother elf pour modifier ses pouvoirs et devint la "dark elf" de part sa faculté à rendre les reploid en mavericks à l exception de X.
Le dr Weil plongea le monde dans la guerre la plus sanglante et meurtriere de l histoire : "l elf war"
Quant au corps de zero, le dr Weil savait que son immunité face au pouvoir du dark elf ferait de lui le guerrier ultime. Dr Weil améliora l armure de zero pour qu il use de tout son pouvoir : Omega fut créé
Le gouvernement sachant que X n aurait pas la moindre chance seul, ordonna que l esprit de zero soit transféré dans une copie du corps de zero pour qu il apporte son aide
Bien qu ils empecherent le dark elf et omega de fusionner, ce dernier fut réveillé et utilisé lors de cette elf wars comme le messi de la destruction.
Mais apres 4 annees de guerre durant lesquelles 60% des humains et 90% des reploids furent supprimés, la bataille finale arriva et X aidé de copy zero reussirent à vaincre omega
La guerre prit fin avec le retour des reploid a la normale et la capture du "dark elf" mais les survivants réclamèrent justice contre celui qui fut responsable de cette tuerie.
Pour s assurer qu il souffre éternellement pour ses crimes, l esprit de WEIL fut digitalisé et transféré dans un corps mecanique capable de ressentir la douleur mais de ne pas mourrir
Il fut banni avec omega pour s assurer que cette creation ne soit pas utilisé à nouveau pour tout détruire. Ils furent envoyé dans un vaisseau spatial qui reste en orbite constante autour de la terre
Une question resta dans l esprit de copy zero, il se remémora tout ce qu il avait vécu et pris une decision : celle de sceller son corps à jamais
Sentant qu il representait un danger tant qu il serait en vie, il préféra sceller son corps contre l avis de X qui garda son Z saber en souvenir de son ami.
X fut choisit pour diriger le monde dans un age de paix. le Big Four (fefnir, leviathan, phantom et harpuia) créé à son image à partir de son adn eut pour tache d aider X dans sa tache.
X créa neo Arcadia, une cité gouvernemental ou chacun pourra vivre en paix. Il rendit justice comme un juge mais aussi un bourreau. Ce qui commenca avec "the day of sigma" prit fin avec "the age of X"
X régna pendant plus de 90 ans sur neo acadia avant de disparaitre sans raison. Une scientifique Ciel créa alors une copy X qui pris la releve de X mais qui s avera etre un véritable tyran sans pitié.
Copy zero et X se retrouveront quelques temps àprès mais mourront tous (le big four, zero, X, copy zero, copy X, copy X 2) et l histoire prendra réélement fin a la fin de megaman zero 4.